Supercomputador Santos Dumont é usado para modelagem molecular

Pesquisadores do Grupo de Modelagem Molecular de Sistemas Biológicos do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC) estão utilizando o supercomputador Santos Dumont para modelagem molecular. O objetivo é criar estruturas tridimensionais para sequências de aminoácidos de proteínas sem corpo definido, para realizar predições, as quais serão analisadas por um comitê científico independente durante a 12ª edição do CASP.

O concurso é bianual e avalia o estado da arte das metodologias computacionais para predição de estruturas de proteínas. Os resultados visam avaliar o progresso desde a última edição e guiar as pesquisas futuras da área.

O time do LNCC participa na categoria predições de estruturas, sem referência, com um servidor criado por eles que emprega metodologias desenvolvidas ao longo de mais de uma década de pesquisas na entidade vinculada ao Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTIC). Esta categoria é considerada a mais desafiadora e requer o envio das predições em até 72 horas – são 212 grupos do mundo todo.

O grupo do LNCC, liderado pelos pesquisadores Laurent E. Dardenne e

Fábio L. Custódio, está utilizando como plataforma principal de computação extrema para

viabilizar a participação do LNCC no CASP. Cerca de 18 mil núcleos do

SDumont já foram utilizados simultaneamente para realizar a predição

de alguns alvos mais desafiadores. Os pesquisadores também contam com serviços de otimização de código e recursos computacionais do Centro de Inovação da Intel, hospedado e gerenciado pela AMT, no Rio de Janeiro, líder em serviços de HPC no Brasil.

A predição computacional de estruturas de proteínas é um dos maiores desafios da

biologia molecular e atrai a atenção de grupos do mundo todo por estar diretamente

associada a aplicações biotecnológicas em áreas estratégicas como o desenvolvimento

de novos fármacos e vacinas, engenharia de proteínas, genômica estrutural e

desenvolvimento de biopolímeros.

A participação do grupo de pesquisadores do LNCC está sendo apoiada

pelas empresas ATOS-BULL, AMT IT Infrastructure e Intel.